O Fundo tem como uma de suas características fundamentais ser um fundo dirigido, ou seja, todos os seus recursos só poderão ser utilizados para e através da mantenedora do Instituto Pelé Pequeno Príncipe – Pesquisa em Saúde da Criança e do Adolescente: a Associação Hospitalar de Proteção à Infância Dr. Raul Carneiro. A mantenedora, uma associação filantrópica, gere além do IPPP o Hospital Infantil Pequeno Príncipe, o Hospital de Crianças César Pernetta, e o Instituto de Ensino Superior Pequeno Príncipe. A mantenedora tem o compromisso formal, assinado com o Fundo, de aplicar 60% dos recursos advindos do mesmo no Instituto de Pesquisa, podendo então direcionar 40% dos recursos também para as demais atividades do Complexo, respeitando as regras de indicação e priorização de gastos determinados no Regimento Interno do Instituto Pelé Pequeno Príncipe – Pesquisa em Saúde da Criança e do Adolescente.